New York City is gelegen op een grote natuurlijke haven langs de Atlantische kust. Er is een overvloed van water uit rivieren, kreken, zeestraten en baaien rond New York City. Water helpt de vijf boroughs van New York van elkaar scheiden: Manhattan is een eiland omringd door drie rivieren en de Atlantische Oceaan; Staten Island is gescheiden van New Jersey van twee getijde straits en wordt afgesneden van de rest van New York door de baai van New York; Brooklyn, samen met de Queens, maakt deel uit van het grotere eiland van Long Island; en de Bronx is de enige borough verbonden met de rest van het vasteland van de Verenigde staat.
New York Harbor is een natuurlijke haven waar het de Atlantische Oceaan voldoet aan met water uit de rivier de Hudson. Het bestaat uit de Upper New York Bay, Lower New York Bay, North River, East River, Kill Van Kull, Newark Bay, Arthur Kill, The Narrows, Jamaica Bay, Raritan Bay en Harlem River. Upper New York Bay en Lower New York Bay zijn de twee grootste componenten en worden vergezeld door the Narrows is een getijde rechte scheiden Staten Island uit Brooklyn. De haven opent naar de Atlantische Oceaan in het zuidoosten en noordoosten. De Hudson River draagt bij zoet water vanuit het noorden, en stroomt 315 mijl door Oost-New York staat. De monding van de Hudson verdeelt New York City from New Jersey. New York Harbor is ook een term gebruikt om de haven van New York en New Jersey. Deze port is een van de grootste olie importeren en container havens in de natie. Beroemde eilanden binnen de haven van New York City zijn Ellis Island, Governor Island en Liberty Island die huizen van de Statue of Liberty.
De East River verbindt de Upper New York Bay met de Long Island Sound in het noorden. Long Island Sound is het estuarium gelegen tussen Long Island en Connecticut. De East River scheidt Long Island van Manhattan en the Bronx. Het heeft sterke stromingen die zwemmers naar zee uitduwen kunnen. De sectie delen van Manhattan van Brooklyn is een van's werelds drukste waterwegen, en alle van de sterk geïndustrialiseerde zones er hebben geleid tot de massieve verontreiniging in de wateren. Het Clean Water Act in 1971 was deels gericht op het terugdringen van dit probleem van de overmatige vervuiling.
Jamaica Bay is een lagune ten zuidwesten van Long Island in Brooklyn en Queens. Het is gelegen waar de New York Bay convergeert met de Atlantische Oceaan bij de inlaat van de Rockaway. De hooglanden rond de baai zijn commercieel ontwikkeld. John F. Kennedy International Airport is een opvallend kenmerk naast de baai. Moerasgebied verloren gegaan in de baai als gevolg van de ontwikkeling en de stijgende zeespiegel. Zijn de stranden van Coney Island en Rockaway Beach naast de baai en aan de Atlantische Oceaan.
